Die erste schriftliche Erwähnung des Ortes stammt aus dem Jahre 1346 in Zusammenhang mit der Pfarrei, die zu Freiberg gehörte. Leider lässt sich der Gründer des Dorfes nicht mehr aus den Unterlagen ermitteln. Das Dorf gehörte zur Burg Ossegg der Herren von Riesenburg, die 1398 die Burg und die Stadt Dux verkauften. 1459 fiel das Erbe an die böhmische Krone und erhielt mehrere Eigentümer, bis es 1523 Depolt von Lobkowicz übereignet wurde. Nach seinem Tod übernahm seine Witwe Polixenia von Lobkowicz die Ländereien. Diese heiratete Maximilian von Waldstein . Nach ihrem Tode erbten die Waldsteins Fláje. In dem Jahre 1583 wurden 9 Familien gezählt. In Anbetracht dessen, dass der Boden keinen Ertrag brachte, aber es große Waldgebiete gab, beschäftigte sich der Großteil der Bevölkerung mit der Be- und Verarbeitung von Holz. Interesse an diesem Holz hatten auch die Sachsen. Und so wurde 1624 -1629 ein Flößgraben, die Neugrabenflöße, von der Flöha über Georgendorf (Český Jiřetín) bis nach Clausnitz gebaut, der dort zur Freiberger Mulde führte, dessen Überreste man noch heute finden kann. 1653 wurde eine protestantische Kapelle errichtet.

In den Jahren 1668 wurde der protestantische Teil der Bevölkerung zwangskatholisiert. Etwa die Hälfte der Einwohner verließen Fleyh und gingen nach Sachsen. Eine Schule und ein Pfarrhaus wurden erbaut, die Kirche erweitert. Es handelte sich dabei um eine Holzkirche auf einer Steinplatte, dem Heiligen Johannes dem Täufer gewidmet. Den Kern bildete wohl die zuvor erbaute protestantische Kapelle. (Die Kirche wurde vor dem Bau der Talsperre nach Georgendorf (Český Jiřetín) verlegt und 1995 restauriert).

In den Jahren 1958-1960 wurde die Talsperre Fláje gebaut und Fleyh überflutet.

Zu Fleyh gehörte früher noch der Ortsteil Motzdorf, der heute wüst liegt.

Nahe des Ortes befindet sich auf dem Schlossberg (Zamecek) das hölzerne Jagdschloss ZámeÄ?ek Lichtenwald oder auch, das 1765 vom Grafen Emanuel Filibert von Waldstein errichtet wurde und durch eine Allee erreichbar ist. Es ist leider nicht zugänglich und liegt abseits aller Wanderwege.